13-й Миссиссиппский пехотный полк состоял из следующих рот:
Рота А (В в первый год) - Гвардия Уинстона (собрана в округе Уинстон)
Рота В (С в первый год) - Гвардия Уэйна или Стрелки Уэйна (собрана в округе Уэйн)
Рота С (F в первый год) - Легион Кемпера (собрана в округе Кемпер)
Рота D (E в первый год) - Стрелки Ньютона (собрана в округе Ньютон)
Рота Е (А в первый год) - Пехота Аламутча (собрана в округе Лаудэрдэйл)
Рота F (G в первый год) - Лаудэрдэйлские Зуавы (собрана в округе Лаудэрдэйл)
Рота G (I в первый год) - Сецессионисты (собрана в округе Кларк)
Рота H (K в первый год) - Спартанская Группа (собрана в округе Чикасо)
Рота I (D в первый год) - Шустрые из Атталы (собрана в округе Аттала)
Рота К (Н в первый год) - Гвардия Петтуса (собрана в округе Лаудэрдэйл)

Офицеры полка:
Полковники:
Уильям Барксдэйл, произведен в бригадные генералы 27.6.1862, убит при Геттисберге 2.7;
Джей. У. Картэр, убит при Геттисберге 2.7;
Кеннон МакИлрой, убит при Ноксвилле.
Подполковники:
М. Х. Уитакер, до реорганизации;
Джей. У. Картэр, повышен;
Кеннон МакИлрой, повышен;
Джон М. Брэдли, умер от ран;
А. Дж. О''Брайан.
Майоры:
Айшам Харрисон, до реорганизации;
Кеннон МакИлрой, повышен;
Джон М. Брэдли, ранен при Геттисберге, повышен;
Дж. Л. Дональд.
Адъютанты:
Е. А. Миллер;
И. П. Харман.
Хирурги:
Джей. Т. Гилмор, произведен в бригадные хирурги;
Л. М. Остин, умер;
Джон Клоптон, переведен;
С. Барух.
Ассистенты хирурга:
А. С. Андерсон, А.Н Баллингер, Джей. С. Шинкс, М. МакМаннинг, Х. Д. Грин.
Квартирмейстер:
Джей. х. Тёрнер, повышен до бригадного штата.
Комиссары:
Д. П. МакАллум, Р. С. Топп.
Капелланы:
Фэриш, Т. С. Уэст.
Знаменосец:
А. Т. Харви.

Этот полк был организован в Коринфе и записан на службу Конфедерации 13-15 мая 1861 года на 12 месяцев. 13-й полк был сформирован 14 мая 1861 года, и Уильям Барксдэйл был избрае полковником. Вскоре после этого полк был направлен Юнион Сити, Теннесси, где и оставался в составе армии генерала Полка, пока не был направлен в Линчбург, куда и отправился 14 июля. Сразу же по достижении Линчбурга полк перебросили к Манассасу; он достиг железнодорожного узла ночью 20-го и утром 21-го июля, в день сражения. Как только стало возможно, полк выступил к полю битвы, маршируя впри сильной жаре и в удушающей пыли. Поевые порядки должны были отрапортовать генералу Лонгстриту, но для удобства были приписаны к бригаде Джубала Эрли, которая дислоцировалась в тылу линии Бьюрегара на ручье Булл Ран, возле брода МакЛина. Знаменитое сражение началось с атаки федералов на фланг конфедератов за ручьем. Битва свирепствовала с десяти утра, и генерал Эрли не получал приказ выступать до двух, когда он немедленно отправился на поле брани. "Эта бригада,-рапортавал Бьюрегар,- двинулась через поля мимо дома Холтама на левый фланг,... и после жестокого огня по боевым порядкам обошла неприятеля справа. В этот момент враг свормировал линию действительно устрашающую в пропорциональном отношении. Леса и поля были заполнены толпами их пехоты и кавалерии. Это было величественное зрелище, когда они вырвались перед тучей своих стрелков на склоны холва для новой атаки. Но как только Эрли сформировал линию, бригада Элзи и другие полки атаковали практически одновременно с разных позиций с огромным воодушевлением. В это же время Эрли атаковал правый фланг и тыл." Так начался их путь.
Потери: шестеро раненых в 13-м.

После этого полк был приписан к бригаде генерала Н. Дж. Эванса, так же как 17-й и 18-й, и оставались в окресностях Лисбурга. 20 октября они прошли от ручья Гуз Крик к форту Эванс на реке Потомак. 21 октября силы неприятеля под командованием полковника Бэйкера пересекли реку со стороны Мериленда, и после первого столкновения 4 откомандированные роты 13-го Миссиссиппского, включая роту Флэтчера, при поддержке роты 17-го полка, после жаркого боя отбросили федералов с их позиций. В то же время как другие полки встретили федералов у обрыва Болла и добились знаменитой победы девять придержанных рот Барксдэйла отбросили другие колонны неприятеля у переправы Эдвардса, оставшись там, пока другие отправились назад в Лисбург, конвоируя пленных федералов. На следующий день Барксдэйл атаковал федералов, которые пересекли реку у него во фронте, сбросив их в реку с тяжелыми потерями. Потнри полка составили 4 убитых, 2 раненых и один пропавший без вести. Люди Аттала под комантой Флэтчера были отмечены в сражении у обрыва Болла, несколько из них были среди тех, кто первыми достиг федеральной батареи, которая была захвачена.

Зимний лагерь располагался у горы Катоктин недалеко от Лисбурга. Молк был приписан к Миссиссиппской бригаде под командованием генерала Ричарда Гриффита, который принял командование на параде бригады в лагере Каролина 9 декабря 1861 года.

После отступления к Калпепперу и перевода в Йорктаун, полк был реорганизован на три года 26 апреля 1862. Он не участвовал в сражении при Йорктауне и во вроемя отступления, и тем неменее слегка поучаствовал в сражении у Семи Сосен.

Перед Семидневной битвой у Ричмонда в июне 1862 года, бригада Гриффита включала в себя 13-й, 17-й, 18-й, 21-й полки и входила в состав дивизии Магрудэра, которая впервые вступила в битву 29 июня на железной дороге возле станции Саваш. В начале этой акции генерал Гриффин был смертельно ранен, и его место занял полковник Барксдэйл. 13-й полк был задействован в сражении в качестве резерва дивизии МакЛоуза. 1 июля во время сражения у холма Марвелл бригада сформировала боевую линию в лесу, под огнем батарей и канонерок противника, после чего, около шести часов вечера, они зарядили оружие, пытаясь сдержать федеральные батареи. В это время подполковник Картер был ранен, и командование принял майор МакИлрой. Полковник Барксдэйлотметил руководство старшего адьютанта майора Инга, и адъютанта капитана Костина. Майорам Уоттсу и Хокинсу было приказано позаботиться об умирающем генерале Гриффине. Тринадцатый полк занял передовую позицию и удерживал ее около часа без поддержки.
Потери в обоих сражениях составили 28 убитыми и 107 раненными.

МакИлрой, повышенный до подполковника, командовал полком во время Мэрилендской кампании в сентябре 1862. Вместе с дивизией МакЛоу они отклонились от колонны Ли, чтобы вместе с силами Джексона принять участие в захвате Харперс Ферри. 12 сентября бригада Барксдэйла и южнокаролинская бригада Киршоу начали подъем на Мэрилендские высоты; майор Дж. М. Брэдли командовал пикетами на левом фланге, перестреливаясь с федералами на горе. На следующий день Киршоу атаковал укрепленные федеральные линии во фронт, а Барксдейл - с фланга и тыла, и в результате после жестокой битвы высота была взята. Тринадцатый полк был оставлен на горе в качестве гарнизона, когда бригада двинулась к Браунсвиллу, чтобы встретить ожидавшуюся атаку, после чего соединиться с остальной армией. Они появились на поле битвы при Шарпсберге после того, как сражение продолжалос уже несколько часов. Бригада находилась в состоянии полной боевой готовности уже пять или шесть дней, две ночи провели на марше, и многие люди просто умирали от усталости. Бригада вступила в бой с менее чем 900 солдатами и офицерами, построившись в боевой порядок на открытом поле, простреливаемом ужасным огнем артиллерии, продвинулись вперед и выбили неприятеля из находившегося впереди леса и заняли эту позитцию; тринадцатый и восемнадцатый отражали фланговые атаки.